| 潜水調査船が観た深海生物―深海生物研究の現在 藤倉克則， 奥谷喬司， 丸山正 487pp. 東海大学出版会, 東京, 2008 | 18 | 2008 |
| 2008年岩手・宮城内陸地震の地震断層と 地質境界断層との関係 ―岩手県一関市厳美町産女川沿いの断層露頭― 遠田晋次， 丸山正， 吉見雅行， 小俣雅志， 郡谷順英， 山崎誠 活断層研究 2009 (30), 47-53, 2009 | 5 | 2009 |
| サンゴ骨格の炭素同位体比の変動要因に関する研究 小俣珠乃， 鈴木淳， 川幡穂高， 丸山正 地球化学 40 (4), 263-276, 2006 | 4 | 2006 |
| 中国西北帕米尔东北缘的活动断裂研究 (英文) 傅碧宏， 林爱明， 丸山正， 郭建明 新疆地质 21 (1), 1-8, 2003 | 4 | 2003 |
| 深海画像データの Web 公開と課題 齋藤秀亮， 荻堂盛誉， 長谷英昭， 田中克彦， 北山智暁， 伊禮一宏， ... JAMSTEC Report of Research and Development 18, 73-80, 2014 | 3 | 2014 |
| 海洋生物情報の公開と応用展開 田中克彦， 新井隆弘， 岸良武文， 山内束， 齋藤秀亮， 華房康憲， 園田朗， ... JAMSTEC Report of Research and Development 18, 81-88, 2014 | 3 | 2014 |
| JAMSTEC における海洋生物の統合データシステム構築 田中克彦， 荻堂盛誉， 園田朗， 丸山正， 藤倉克則 日本プランクトン学会 56 (2), 178-182, 2009 | 3 | 2009 |
| 有度丘陵の活断層の第四紀後期における活動性 上市誠， 林愛明， 丸山正 活断層研究 2003 (23), 45-52, 2003 | 3 | 2003 |
| 地球情報研究センターにおける海洋地球観測データの管理・公開 坪井誠司， 園田朗， 華房康憲， 石川洋一， 長谷英昭， 齋藤秀亮， 佐藤孝子， ... JAMSTEC Report of Research and Development 18, 43-51, 2014 | 2 | 2014 |
| 潜水調査船が観た深海生物 東海大学出版会 藤倉克則， 奥谷喬司， 丸山正 | 2 | 2008 |
| Analysis of Global Ecosystem Ecology by Fragment Molecular Orbital (FMO) Method: Analyses of the interactions between virus hemagglutinins and their receptors 丸山正， 嶋根康弘， 大石和恵， 岩沢美佐子， 秦田勇二， 高木善弘， ... Annual report of the earth simulator, 131-135, 2014 | 1 | 2014 |
| 逆向き低崖のピット調査に基づく 2008 年岩手・宮城内陸地震で出現した地震断層北端部の活動史 丸山正， 遠田晋次， 吉見雅行， 小俣雅志， 郡谷順英， 森良樹 活断層研究 2012 (36), 11-22, 2012 | 1 | 2012 |
| 平成 16 年 (2004 年) 新潟県中越地震に伴い地表に出現した地震断層 丸山正， 伏島祐一郎 号外地球= Chikyu monthly/special: カラー版/月刊地球編集部 編, 97-102, 2006 | 1 | 2006 |
| 平成 16 年 (2004 年) 新潟県中越地震に伴い地表に現れた地震断層の性状 丸山正， 伏島祐一郎， 吉岡敏和 地質ニュース/産業技術総合研究所地質調査総合センター 編, 9-12, 2005 | 1 | 2005 |
| 2000 年鳥取県西部地震による液状化と被害 林愛明， 狩野謙一， 丸山正 構造地質, 1-4, 2000 | 1 | 2000 |
| 断層破砕帯の組織構造に示された三峠-殿田活断層系の変位センスのインバージョンとそのネオテクトニクスにおける意義 林愛明， 丸山正， 嶋本利彦 号外地球= Chikyu monthly/special: カラー版/月刊地球編集部 編, 49-53, 2000 | 1 | 2000 |
| 好熱性古細菌 丸山正 古細菌の生物学, 77-107, 1998 | 1 | 1998 |
| 総説: 北海道沿岸に棲息する鰭脚類の感染症の血清疫学 大石和恵， 丸山正 日本野生動物医学会誌 28 (2), 81-89, 2023 | | 2023 |
| ワクチニアベクターワクチン開発と野生動物への適用の可能性 大石和恵， 丸山正 日本野生動物医学会誌 27 (2), 111-118, 2022 | | 2022 |
| 熊本平野沿岸部における最終氷期最盛期以降の地形発達 大上隆史， 丸山正， 細矢卓志 日本地理学会発表要旨集 2022 年度日本地理学会秋季学術大会, 24, 2022 | | 2022 |
